中国互联网络信息中心（CNNIC）发布了《2012年中国网络支付安全状况报告》。调查显示，用户对支付宝整体安全评价最高。在主要的第三方支付企业中，用户对支付宝整体安全性的评价最高，有92.1%的用户对支付宝的安全性给予肯定评价。第二位的是银联在线，评价认为整体安全的有85.8%的用户。财付通位列第三名，安全评价比例为83.5%。
从安全技术、安全产品感知、安全措施、问题解决和安全宣传五个方面进行分别评价。可以发现，整体上看用户对主要支付企业安全技术、安全措施评价较高，有70%-90%用户给予积极评价；用户对安全产品感知和解决问题方面的评价相对略好，积极评价占60%-70%；用户对支付企业的安全宣传普遍评价相对偏低，积极评价用户仅占一半。对比主要支付企业，支付宝在大部分指标上的评分较为领先，但是在一些分类指标上，银联在线和财付通也表现较为突出。
网上支付用户在对主要第三方支付工具安全保障性进行对比评价时，有55.4%的支付用户认为支付宝的安全保障性最高。虽然用户对比第三方支付工具的安全保障时，受使用经历和熟悉程度影响较大，但支付宝的选择比例遥遥领先，也说明支付宝的安全保证水平在用户心中具有明显的优势。
银联在线拥有广泛的线下用户基础，对用户的安全信任度起到了提升作用。银联在线也在逐步完善其安全产品，提升综合保障水平，但由于受传统业务影响，对用户在对其保护措施感受上逊于纯线上支付企业。
财付通具有较强的安全支付保障水平，借助腾讯集团内IT安全、QQ等集团资源，对安全问题的处理等方面受用户好评更高，但在安全技术、安全投入和联盟合作等方面还有较大的提升空间。
